善良的朱允炆哪里会怀疑这位叔叔，他把几位堂兄弟送回了燕王那里。无后顾之忧的朱棣，病也好了，精神也恢复了，马上准备起兵，但要找一个合法的理由，毕竟人家朱允炆是合法继承的，朱棣这样打过去名不正言不顺，天下人也不会支持。为此，朱棣打着清君侧的旗号，要帮助皇帝除掉身边的奸佞。
朱棣抓住朱允炆削藩的小辫子，把自己的行为说成是自卫，要求皇帝去掉左右的奸诈顾问们，恢复太祖皇帝的法律和制度。除此之外他还声称，他有义务来执行这次惩戒使命，因为他是马皇后所生的最年长的健在儿子，他责无旁，他发誓否认他对帝位感兴趣，只是说他是本着《祖训录》中的规定而开始清除朝廷中的小人官员的。
8月，燕王朱棣誓师抗命，下谕将士，打着“清君侧”旗号起兵“靖难”。史称“靖难之役”。朝廷和燕王之间开始了一场血腥的、持续三年的军事对峙。战争初期，朱棣的实力是远远低于建文帝的，朱棣只有10万军队，可控制的只有北京，建文帝则拥有三倍于燕王的常备军，并且有全国的经济做支持。
按理说朱允炆是很有机会消灭朱棣的，但朱允炆将书呆子的精神发挥到了极致。他不仅毫无识人的眼光，更是下了一道圣旨给将士，大概意思是说：”在战场上遇到燕王，不能杀害，要活捉。“这样一个命令，等于给了朱棣一道免死金牌，更是给将士一个信号，是不是这叔侄二人还有和好的可能？毕竟血浓于水，如果我伤到了燕王，不但功劳没有，反而可能会被这位皇帝杀掉。这样的结果就是，经常可以看到这样的情形，燕王朱棣单枪匹马的在几万大军前优哉游哉，而朱允炆这边的人则很无奈，只能这样看着朱棣。
朱允炆对朱棣是很好，但朱棣对朱允炆可并不友好，更没有顾念叔侄感情，朱棣在打败朱允炆的军队后进入南京，在燕王军队抵达后的一场混战中，南京城内的皇宫大院起了火。当火势扑灭后在灰烬中发现了几具烧焦了的残骸，已经不能辨认，据太监说它们是皇帝、皇后和他的长子朱文奎的尸体。朱棣登位后，将忠于建文的诸臣剥皮的剥皮，下油锅的下油锅，把他们的女眷罚到教坊司当官妓，实行残酷的“转营”，即轮流送到军营中去，一个女子每一日一夜要受二十余男子的凌辱，情况还要经常报告朱棣，有被摧残至死的，朱棣就下圣谕将尸体喂狗吃了。
朱允炆因为一道不许伤害燕王的圣旨，赔掉了朱元璋传给自己的天下、自己的忠臣良将、自己的嫔妃婢女、自己的子嗣。朱棣登基后，为了掩盖自己篡位弑君的事实，他把建文四年改成洪武三十五年，并表明自己是继承洪武帝，而不是继承建文帝，朱棣还令尽复建文所改的一切太祖皇帝制定的成法和官制，以表明其起兵目的在于恢复祖训。
战争是残酷的，在战争面前，朱允炆太过稚嫩，我想经过这次教训，他应该成熟了，但是他已经没有机会可以展露在世人面前了。建文帝无疑是善良的，如果他当皇帝，明朝的法律自然也会更宽容一些，百姓也许会更幸福一点。但建文帝重视文官，忽视武将的态度，迟早会如同宋朝一样，只能割地赔款来维持和平。朱棣则不同于建文帝，他杀伐果断，类于朱元璋，虽然有时候残忍，但是他眼光深远，一切从实际出发，对于整个明朝的稳定有着不可磨灭的功劳。
但是不得伤害朱棣的这命令，也的的确确让将士们在讨伐朱棣的时候不得不束手束脚，甚至是好几次让朱棣从容不迫的洒脱离去……
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